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In un quadro ambientale così felice trovano accoglienza specie faunistiche migratorie e stanziali quali il nibbio reale, la cicogna bianca, il gufo reale, il gatto selvatico, la volpe, la martora, il ghiro e la puzzola.E' stata segnalata anche la presenza di esemplari di martin pescatore e del gracco corallino. Altre due specie rare osservate in questa zona sono il "proteus sanguineus" e la salamandra pezzata. La salamandrina dagli occhiali si può incontrare nella zona della sorgente Fabbricata nel territorio di Moliterno. Il lago del Pertusillo è spesso rifugio di uccelli acquatici di passo quali germani reali, moriglioni, fischioni e folaghe.
I tratti meno frequentati sono invece prescelti dall'airone cenerino. Il lago del Pertusillo, le gole del fiume Maglie e la foce del fiume Agri sono da segnalare per la presenza accertata di una delle ultime colonie di Lontra Europea. Le cime dei monti Rapare, Volturino e Viggiano (Museo del Lupo - WWF Italia) nascondono le tane e sono i percorsi preferiti dal lupo appenninico.
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